间质性肺炎一般经过对症的积极治疗，一般可以达到痊愈的目的，可以导致间质性肺炎的致病微生物包括细菌、病毒、非典型致病菌、真菌等等。细菌感染引起时，可使用抗生素进行治疗，例如头孢克肟、头孢克洛、阿莫西林、左氧氟沙星、阿奇霉素等。
如果患者是由于病毒感染而引起的间质性肺炎，可使用抗病毒的药物，例如奥司他韦、阿比多尔，也可使用清热解毒的药物，例如清开灵、蒲地蓝。如果患者间质性肺炎是由于支原体、衣原体感染而引起时，可使用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星。如果患者的间质性肺炎由于真菌感染引起时，可使用抗真菌的药物，例如氟康唑、酮康唑等。