治疗肾结石的药物主要是枸橼酸钾、氢氯噻嗪、别嘌醇、硫普罗宁和坦索罗辛。肾结石按种类上来说分成三大类，也就是含钙的结石、尿酸结石、胱氨酸结石，所应用的药物也不一样。其中枸橼酸钾和氢氯噻嗪，对于含钙结石治疗效果比较好；而别嘌醇能够抑制尿酸的产生，所以对于尿酸性结石治疗效果比较好；枸缘酸钾和硫普罗宁具有碱化尿液以及和胱氨酸结合的作用，因此对于胱氨酸结石治疗效果比较好。上面提到的最后一个药物坦索罗辛，具有舒展输尿管平滑肌的作用，有助于排石。对于有肾结石而且不想碎石或者行手术治疗，完全可以先应用排石药物观察。但并不是所有的结石服用药物都有效。有些结石比较大或者是形状长得不规则，单单服用药物效果比较差，只能借助于体外冲击波碎石、经皮肾镜取石术甚至手术等治疗方法。