怀孕中期才发现甲状腺功能减退症，应该给予正确的治疗，一般是给予左甲状腺激素替代治疗，还要看甲状腺激素水平是否有下降，促甲状腺激素水平升高的程度。
如果仅有促甲状腺激素水平的略微升高，而甲状腺激素水平下降得并不明显，对胎儿产生的影响并不是很大。
如果是促甲状腺激素水平升高的很多，甲状腺激素水平下降得就很明显，就要对胎儿进行重新的评估，可以做一下羊水穿刺或者相关的检查，以确定胎儿的发育情况。
在怀孕前以及怀孕早期，都是会查甲状腺激素水平的，所以不论是否孕妇什么时候发生的甲减，首先给予积极的治疗，再想办法检查胎儿的情况。