妇科的囊肿有外阴阴道的囊肿、宫颈的囊肿、卵巢的囊肿。外阴的囊肿在临床上常见的就是前庭大腺的囊肿，常常是由于腺管阻塞所引起，其内的组织物没有办法排出，所以天长日久就形成了囊肿。
如果是外阴其他部位的囊肿，可能是毛囊皮脂腺导管出现阻塞也会导致囊肿。宫颈的囊肿常常是由于宫颈局部的慢性炎症，导致了局部腺管阻塞，所以也会形成小的囊肿。
并且常常是以往有慢性宫颈炎才引起的宫颈局部囊肿，往往没有相应的症状，一旦出现症状及时的给予治疗。
卵巢的囊肿除了巧克力囊肿，是因为子宫内膜异位到卵巢局部所形成的囊肿，其他的囊肿病因还不清楚。对于卵巢的囊肿，如果直径>5公分建议积极手术进行治疗。