小腿肌肉疼有如下几个原因：1、最常见的原因是外伤导致的，在小腿过量运动、锻炼，受到外伤、打击时会使周围的韧带、滑膜出现严重的挫伤、软组织挫裂伤时就会导致肌肉的拉伸性疼痛。另外，在膝关节、半月板或前、后纵韧带受拉伸时，软组织水肿也会导致肌肉疼痛。2、如运动量过多启动了无氧糖酵解途径，或乳酸在体内蓄积过多时也会出现小腿的肌肉酸疼。3、如前一日饮酒时，体内有过量的乙醛蓄积，乙醛会生成过量的乙酸也会引发小腿的肌肉酸疼。4、如运动方式、方法不正确或运动量一次性过猛而导致横纹肌溶解时，或者在高温环境下作业而导致中暑、热射病时都会引起小腿肌肉酸疼。