非淋菌性尿道炎可以口服红霉素治疗，红霉素肠溶片对支原体、衣原体及其它病原微生物引起的尿道炎有明显的疗效。非淋菌性尿道炎还可以口服交沙霉素，交沙霉素是大环内酯类抗生素，对于非淋菌性尿道炎有较好的治疗效果。
非淋菌性尿道炎还可以口服盐酸多西环素治疗，盐酸多西环素对解脲支原体引起的非淋菌性尿道炎有较好的治疗效果。非淋菌性尿道炎还可以口服中成药物治疗，比如口服八正胶囊，八正胶囊对非淋菌性尿道炎引起的尿路刺激症状有明显的治疗效果。