根治毛囊炎的方法最主要的就是抗炎、抗感染的治疗。静点药物方面可以应用青霉素钠注射液或者盐酸左氧氟沙星注射液，但是盐酸左氧氟沙星注射液需要应用于十八岁以上的成年人。口服药物可以选择罗红霉素胶囊，或者盐酸米诺环素胶囊口服。外用药方面可以外用莫匹罗星软膏或者克林霉素磷酸酯凝胶，并且可以配合湿敷雷夫诺尔溶液，一天两次，一次二十分钟。在中医治疗上也是很有特点的，可以选择百癣夏塔热胶囊，或者二丁胶囊这种清热解毒的中成药口服；也可以外用龙珠软膏，或者丹皮酚软膏这样的中成药药膏来进行治疗。