胚胎停育大部分是找不到原因的，有的与胚胎自身发育异常相关，比如染色体异常。胚胎停育有时也与母亲自身疾病相关，比如纵隔子宫等子宫畸形或者子宫黏膜下肌瘤、宫腔息肉等宫腔病变。有时女性自身的免疫性疾病也会造成胚胎停育，比如抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮等等，所以一般一次胚胎停育不用查找原因，属于概率问题。如果连续两次以上胚胎停育，要检查胎儿染色体情况，检查妈妈的子宫情况以及内分泌指标和免疫因素，查找原因、给予处理。