小便时龟头流脓、疼痛，一般常见于淋球菌性尿道炎，属于一种性传播疾病，主要是由于淋球菌感染引起的。
淋球菌属于一种化脓性细节，主要感染人体尿道黏膜，引起化脓性炎症。临床表现为尿道口有黄色脓性的分泌物，一般用手挤捏阴茎，会明显的有黄色脓性分泌物流出，另外患者还会出现阴茎肿痛等炎症反应的表现。
一般出现这种情况要积极的进行检查来明确诊断，淋球菌性尿道炎属于性传播疾病，诊断明确后要进行积极的治疗，避免由于治疗不及时造成疾病进展，从而给患者的健康造成影响。