新生儿的心脏有缺口，部分可自愈，部分不能自愈，是否能自愈，和新生儿心脏缺口的大小有关系，判断如下：
1、能自愈：如果是单纯的心脏有缺口，比如单纯的房间隔缺损、室间隔缺损，而且缺损的部位小于6mm，随着其日龄的增加，自愈的可能性非常大，尤其在生后的两岁，大部分都能自愈。
2、不能自愈：如果是缺口比较大，如大于6mm，往往不能自愈，在新生儿期后，可能需要心脏的介入手术来进行封堵。
所以新生儿心脏缺口是否能自愈，要根据缺损的大小来判断，在心脏有缺损，同时伴有其他大血管畸形的时候，自愈的可能性相对比较小。