儿童窝沟封闭的原因是由于儿童换恒牙时第一个磨牙萌出，磨牙表面窝沟又多又深，食物残渣常常残留在当中，被细菌分解成酸性物质，从而导致牙齿表面被腐蚀，形成蛀牙。尤其是六龄齿，更容易受到食物侵蚀，从而在表面形成龋齿。龋齿逐渐向深部发展，导致牙髓炎、根尖周炎等。
窝沟封闭原理就是在六龄齿磨牙表面，有窝沟的地方，涂上一层高分子复合树脂，从而使牙齿表面形成一层保护膜，隔绝细菌和酸性物质对牙齿的腐蚀，以此对牙齿起到保护作用，有预防龋齿的作用。