疲软状态下感觉到阴茎疼痛多见于尿道、膀胱以及前列腺的炎症或者结石，表现为排尿或排尿后的尿道内刺痛或烧灼感。包皮嵌顿时静脉回流障碍，阴茎胀痛明显。阴茎勃起时的疼痛多见于阴茎海绵体硬结症、尿道下裂或阴茎异常勃起。
阴茎头或尿道病变引起的阴茎疼痛应当排除特异性的感染，如性传播疾病，应当仔细检查阴茎头有无溃疡、疱疹、糜烂，尿道口有无脓性的分泌物。同时结合排尿等其它症状统一进行综合分析，明确诊断以做进一步的处理。