溶栓最常见的风险是溶栓后出血，出血可以导致病人颅内压增高，严重时可以导致脑疝发生，导致病人死亡。溶栓还可以导致小的栓子脱落，病人再次发生其他部位的脑梗死。
溶栓治疗一定要遵从溶栓的禁忌证，如果病人既往有颅内出血的病史，不建议给予溶栓治疗，蛛网膜下腔出血的病人也不建议进行溶栓治疗。病人有颅内肿瘤或者动、静脉畸形，脑梗死、脑栓塞也不能给予溶栓治疗，以免发生溶栓后出血的风险。
溶栓时要给予病人静脉应用尿激酶或者阿替普酶静点，部分病人溶栓成功后神经功能缺损的症状可以得到明显改善。