通常是不主张患者经常灌肠的，但是在肠梗阻或者出现药物中毒、食物中毒的情况下，是可以行灌肠进行治疗的。灌肠的危害有如下几点：
1、灌肠后会造成肠道内的菌群失调，此时会排出肠道有益的益生菌同时，也会对肠道的菌群造成2次感染，而引起菌群失调的情况出现。
2、灌肠后会造成例如肠道黏膜的损伤和损害，通常灌肠液有甘露醇、硫酸镁或者肥皂水等，这些药液、化学液体长期对肠黏膜都会存在一定的刺激和腐蚀，因此不建议进行高位灌肠和长期灌肠。
3、灌肠时因为有机械操作和操作时的粗暴，会对肠道黏膜和肛门造成一定的损伤。