引起偏头痛的原因很多，最常见的可能就是神经系统的功能异常，例如三叉神经痛或者面神经的疼痛，都可以表现为单侧神经支配区域的面部、头部疼痛。另外在颅内疾病包括颅内占位性的病变或者脑血管病，例如脑血管畸形、脑动脉瘤或者脑供血不足等，也有可能会出现偏头痛，此外牙痛也可能会导致炎症的牙齿、牙龈一侧的脸部以及头部的疼痛。偏头痛还可以见于感冒、发烧或者全身其它炎症部位的患者中，它是一种全身性炎症反应的部分，因此引起偏头痛的原因是很多的。