肾结石进行体外冲击波碎石，对肾脏具有轻微的损害。但是如果没有好好的把握指征，反复多次的频繁进行体外冲击波碎石，则可以造成肾脏的损伤，造成肾单位的损失，甚至可以出现有肾脏的纤维化，严重时可以影响到患者的肾功能。
所以一般肾脏在进行体外冲击波碎石，至少要间隔7-10天以后才能进行第2期的碎石。如果频率过短或者时间过短，都可以影响到肾脏的功能。而且肾脏结石进行体外冲击波碎石的危害，要比输尿管结石体外冲击波碎石的危害要大。
碎石过后患者都可能会出现不同程度的镜下血尿、或肉眼血尿，这时一般都发生了肾脏的微小损伤。所以如果是符合原则的进行体外冲击波碎石，对肾脏的危害相对比较小，但是仍然存在一些损伤。但是如果短期内频繁多次的碎石，则对肾脏的危害比较大。