新生儿黄疸病因非常多，常见的病因有同族免疫性溶血病，如Rh血型不合溶血病、ABO血型不合溶血病，还有红细胞酶的缺陷，如6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏症、丙酮酸激酶缺陷，由于红细胞酶的缺陷影响红细胞的正常代谢，是红细胞膜变硬，变形能力减弱，在网状内皮细胞系统被破坏。
还有红细胞形态的异常，像遗传性球红细胞增多症，还有红细胞增多症，例如母胎输血、胎胎输血、宫内发育迟缓等导致的红细胞增多症，还有体内脏器出血，常见有头颅血肿、硬膜下出血、脑室内出血，还可能是肾上腺皮质出血均可引起黄疸。再有就是感染常见的是新生儿败血症。
然后一部分由于窒息、缺氧、低体温低蛋白等也可以引起黄疸。还有一些少见病，像甲状腺功能低下、垂体功能低下，还有先天愚型，再有就是遗传代谢性疾病也会引起胆红素生成增加，还有新生儿肝炎、先天免疫缺陷病、先天胆道闭锁、先天胆总管囊肿、先天肠道闭锁等都会引起黄疸。