自身免疫性疾病指机体在某些因素的影响下，免疫系统对自身的成分不能识别，误认为是外来的异己抗原，并产生抗体，发生免疫反应，造成了正常器官组织的损伤。
常见的自身免疫性疾病有系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、硬皮病、甲状腺功能亢进、原发性血小板减少性紫癜、自身免疫性溶血性贫血、溃疡性结肠炎、自身免疫性肝病，还有许多皮肤病等。
这类疾病在治疗上都有共同特点，即需要用免疫抑制剂来抑制针对自身抗体的免疫反应，常用的是糖皮质激素类药物。