半夜肚子疼应注意腹部保暖，避免受凉，可以用热水袋热敷按摩或者趴在加热的电热毯上，有暴饮暴食或生冷不洁食物接触史的患者多是急性肠胃炎引起的，可以吃吗丁啉、奥美拉唑、霍香正气水、肠炎宁、痢特灵等药物治疗。
因肚子疼也可能是上消化道穿孔和出血、急性阑尾炎、急性胰腺炎、胆结石胆道梗阻等急腹症引起的，还可能因急性心肌梗死引起的，所以如果患者半夜肚子疼很严重。
上诉措施处理没有得到明显缓解的应及时去医院检查治疗，以免延误病情，造成严重后果。