长期服用抗结核药对人体会有一定的危害，因为抗结核药大多数都有副反应，常见的是肝脏的副反应，可以造成肝脏损伤，出现肝功能异常。另外，常见的副反应有胃肠道刺激反应、白细胞下降，以及过敏，如出现皮疹、末梢神经炎等。如出现胃肠道刺激症状，可见厌食、腹胀等。
症状不严重时，不需要特殊的治疗。如果出现肝功能损伤时，可以给予保肝药物，但是如果出现严重的肝功能损伤，就需要停用抗结核药。有些药物对肝脏损伤比较严重，如利福平。异烟肼主要是造成末梢神经炎的副反应，吡嗪酰胺主要可以导致血尿酸增高，诱发痛风。乙胺丁醇可以损伤视神经，造成视力模糊。