洁尔阴在临床上主要治疗外阴、阴道炎以及皮肤炎症性反应，都可以用洁尔阴来给予治疗。在使用过程中可以用原液，比如外因有皮炎时，用纱布道上阴尔阴湿敷到局部可以起到治疗的作用；冲洗阴道，可以用30%的溶液进行冲洗；幼儿用洁尔阴，最好是配成10%的浓度进行清洗，这样会起到比较好作用，减少局部刺激。
另外，临床上滴虫性阴道炎、念珠菌性阴道炎、细菌性阴道病、支原体感染、衣原体感染等都可以用洁尔阴洗液冲洗阴道，使局部分泌物减少，清洁阴道，然后在阴道内再塞入相应药物进行治疗。