脑炎昏迷不醒，醒来后一定会有后遗症，但是后遗症的情况要根据脑炎涉及的范围、严重程度、昏迷不醒的持续时间，以及是否有并发症而有所不同。
脑炎是各种病毒、细菌或毒素等因素侵入脑实质，造成脑实质的损伤、破坏，引起发热、头疼、头昏、恶心、呕吐、意识丧失等症状，若脑组织损伤严重或侵犯生命中枢就可以造成死亡。
人类神经细胞在成熟后，自我修复和增殖能力极为低下，因而目前一致认为一旦细胞坏死完全不能恢复，若只是非细胞体神经末梢出现了损伤，会有一定程度修复的可能。所以，脑炎昏迷不醒，苏醒后一般留有一定后遗症。