感冒后发烧、浑身疼痛是由于机体免疫力下降，受到病毒、细菌、支原体、衣原体的感染，使上呼吸道黏膜出现明显的炎症反应。
这时全身免疫反应比较强烈，机体新陈代谢相对加快，炎症反应会使体温逐渐升高，发烧也会促进新陈代谢增快，机体耗氧量相对增强，可能会出现缺氧的状态。这时机体会发生无氧代谢，产生大量的乳酸等。
此外还有炎症反应的代谢产物、炎性因子都会刺激到人体的神经系统，导致全身出现疼痛症状。临床上可以给予对症治疗，比如选择使用布洛芬、对乙酰氨基酚等。