一般来说，膀胱结石的药物治疗可以考虑应用排石、利尿的药物，这些药物与肾结石的用药是相似的，通常可以考虑应用排石颗粒等中成药物来利尿、排石。同时，还可以考虑应用α受体阻滞剂，这类药物的主要作用是松弛后尿道的平滑肌，以利于结石的排出。
在药物治疗的过程中，还要多喝水，促使结石排出。如果结石直径超过一厘米，常需要采取微创手术的方法进行治疗。膀胱结石的药物治疗，还要考虑患者是否有前列腺增生等排尿梗阻的因素。如果存在排尿梗阻，需要解除梗阻，才能使结石顺利排出。