头颅磁共振检查基本上适用于颅内大部分病变，比如颅脑先天变异和颅内感染性病变，比如脑脓肿、脑内结核、寄生虫、病毒性脑炎。
另外，应用比较广泛的还有颅内肿瘤，包括各种脑膜瘤、垂体瘤、颅咽管瘤、生殖细胞瘤、胶质瘤。应用最广泛的就是脑血管病变，其中最熟悉的就是脑梗死。还有一些脑血管畸形、脑内动脉瘤、脑变性疾病、脱髓鞘疾病等等。