肛门疼痛难忍发生的原因大多和炎症性疾病相关，比如肛周脓肿、肛裂等等，尤其是肛裂，其疼痛的症状在大便的时候比较明显，有时候即便大便已经停止，肛门仍然会有比较明显的疼痛感。
肛裂的发生是肛管部位的皮肤在大便的反复刺激下形成局部的损伤，而这些损伤由于受到大便的污染，很难及时愈合，进而形成溃疡，而产生肛裂的表现。对于肛裂的治疗，应在早期进行积极的抗炎治疗，并且调整饮食，保持大便的通畅，这样可以减轻局部的炎症反应。如果肛裂已经存在成为慢性的溃疡，大多数都需要进行手术切除，才能治疗这种感染性疾病。