临床上不同原因都可以引起患者患有椎基底动脉综合征，因此针对不同的病因，所采取的治疗方案也不同，具体情况如下：
第一种情况如果是因为有脑栓塞、脑梗塞、脑梗死，引起的椎基底动脉综合征，首选容栓和抗栓治疗，比如可以选择服用阿司匹林、氯吡格雷、华法林或者是低分子肝素等，进行积极的溶栓、抗栓治疗，一般就能取得良好的效果，但是要把握好用药量和用药时间。
第二种情况如果是因为有高血压，引起的椎基底动脉综合征，因为当血压升高时，可以引起椎基底动脉的损伤，导致椎基底动脉供血不足，引起一系列的临床症状，针对这种情况可以服用降压药物治疗，比如可以服用维拉帕米、硝苯地平或者是氯沙坦、卡托普利等降压药物，进行治疗就可以。