肠道益生菌在临床上是常用的一类治疗疾病的有效方法，常用的肠道益生菌比如金双歧，又称双歧杆菌乳杆菌三联活菌片，嗜酸乳杆菌、枯草杆菌、地衣芽孢杆菌等都是临床常用的肠道益生菌。肠道益生菌定植在肠道黏膜当中，在营养物质吸收、消化等方面发挥着重要的作用。肠道里本身就有多种细菌存在，细菌定制在肠腔内起到了很好的作用。
现在研究发现，肠道益生菌不光与肠道疾病有关，可能还与很多系统性的疾病都有关系。若出现肠道菌群紊乱，可能会导致大便的性状、排便习惯发生改变，也可能与炎症性肠病、肠道肿瘤的发生都有关系。因此，肠道益生菌对于肠道疾病以及很多其他系统性疾病都有非常重要的作用。