婴儿巨细胞感染能不能康复，一般不容易全康复。出生时就有症状的患儿预后较差，30%-50%发生神经系统后遗症，包括小头、智力发育障碍、发育迟缓、学习和行为有问题、惊厥、脑瘫等，听力和视觉障碍比较常见。出生时没有症状的巨细胞感染新生儿，最常见的后遗症是感音性耳聋，发生率为7%-15%。所有发生非遗传性感音性耳聋的儿童中约1/3是巨细胞感染引起的，症状性的巨细胞感染患儿50%发生巨细胞感染性耳聋。
巨细胞感染引起的感音性耳聋可能在新生儿听力筛查时正常，在后期发生巨细胞感染性的耳聋，部分可发生前庭功能紊乱。近期研究显示治疗过程中患儿病毒载量持续维持较低水平，与近期和远期的听觉预后改善相关。目前已有学者将新生儿先天巨细胞感染与听力筛查结合，早期发现感染并指导早期干预。头部CT和MR就是核磁共振对预测预后有价值，有症状的先天性巨细胞感染患者中70%CT异常，CT正常的患儿无明显智力障碍的发生。