临床没有怀孕孕酮低，最主要是查询性激素水平的时间。因为孕激素大多数应当在未孕女性中，是在卵泡已经发育成熟，排卵之后形成的黄体，这样的黄体才会分泌较多的孕激素。因此如果是为检测黄体功能，可以选择在月经前一周，相对而言是卵巢黄体功能最为旺盛的时期。在这个时候进行孕酮的检查，如果发现孕酮的水平仍然比较低，提示患者有可能会发生黄体功能不足。
还有可能性是在常规进行月经紊乱的检查项目中，可能会开具在月经第3-5天进行激素水平检测，但实际上在月经第一天算起，第3-5天进行激素水平测定时，孕激素水平处于卵泡期的状态，在卵泡期状态还没有卵巢黄体的形成，所以这个时候的孕酮水平都是偏低的。如果是在没有怀孕的时候进行此项检查，发现孕酮水平偏低，需要结合每个人不同的病史、不同的临床症状，以及不同的采血时间，才能给予更加准确的判断和治疗。