发热时有部分患者会出现头痛，特别是既往有偏头痛病史的患者更容易出现。一般都是因为发热和炎症介质的释放，造成颅内血管神经功能调理不好而出现了血管神经性头痛，临床上比较常见。
疼痛特点一般是间断性疼痛，发热的时候疼痛比较严重，不发热的时候疼痛缓解。如果患者了持续性的疼痛，伴有剧烈恶心、呕吐，还要考虑能否有脑炎的可能性，这是临床上比较危重的疾病，这样的患者需要做脑电图和腰穿等相关的检查来明确诊断。
临床上对于头痛缓解，如果考虑是血管神经调节不好，可以服用非甾体抗炎药物，比如乐松或者阿司匹林，都可以起到一个不错的效果，也可以选择解热镇痛药，比如安瑞克。对于脑炎造成头痛的要积极治疗原发疾病，应用降颅压的药物，经过积极治疗后大多数患者的预后都是不错的。