肾结核是全身结核的一部分，结核杆菌在侵入肾脏后首先损伤的部位在肾的皮质，也就是在肾小球，表现为栗粒样的结核结节的形成。
结核杆菌继续侵入会进入肾的髓质和肾乳头，导致组织的破坏，多个结核的结节逐渐融合形成干酪样坏死，干酪样坏死样物质再次排入肾盂而形成空洞。
病变会继续进展，导致波及全肾而出现肾皮质的缺血、坏死、梗阻性萎缩，最终结果是整个肾脏受到破坏，包括肾盂、肾盏的纤维化等等。