急性上呼吸道感染的主要病原，如下：
一、病毒，病毒占85%以上，病毒感染在急性上呼吸道感染中的地位比较主要。好在病毒感染有自限性，自己会好，一般病程可能是一周左右，有发烧可能是三天左右，病毒是主要病原体。
二、细菌，细菌感染后血象会升高，C反应蛋白也会升高。当判断是细菌时，可以用抗生素，抗生素首选β-内酰胺类抗生素，比如青霉素一类，或者头孢霉素一类。
三、还有少部分可以是支原体类、衣原体类，在学龄期孩子支原体感染也不在少数，医生会根据病原体结果，比如可以做抗原、抗体用抗生素。此时用的抗生素就是大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、红霉素等。
以上三个病原体在上呼吸道感染中是主要病原体。