细菌性阴道炎的治疗主要是口服抗厌氧菌的药物，因为细菌性阴道炎是因为阴道内菌群失调所导致的，首选的抗厌氧菌的药物主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素等。
而在临床上比较推荐的是甲硝唑，因为甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，但是又不影响乳酸杆菌的生长，一般可以选用甲硝唑一日两次口服，一共口服7天，也可以采取替硝唑口服3天来进行治疗。
另外，还可以配合局部用药，例如甲硝唑栓阴道内用或者辅助阴道乳酸杆菌制剂，来恢复阴道内微环境的平衡。