在临床上，对于肛门脓肿进行手术治疗以后，通常1-2天以后再进行换药。因为肛门脓肿在临床上又称为肛周脓肿，或者坐骨直肠肛管周围间隙感染脓肿形成，治疗上通常需要及时的手术切开引流。
如果高位脓肿甚至需要置管引流，由于局部行脓肿切开后会出现局部的渗血，通常采用凡士林纱布填塞脓腔，以免大出血，所以通常手术后1-2天形成窦道时再将凡士林纱布拔除，局部可以用依纱吖啶或者碘伏纱布局部换药。如果演变成慢性期时通常会形成肛瘘，会引起肛周脓肿反复发作，对于肛瘘来说，通常需要行肛瘘切除或者是肛瘘挂线才能获得治愈。