子宫内膜异位症的病因非常的复杂，目前为止有几种学说，一种叫做化生学说，就是跟胚胎的胚层发育有关系。
还有一种经血倒流的学说，也就是每个女性月经期实际上70%是外流的，仍然有30%的人有一部分经血通过输卵管倒流到盆腔，倒流到盆腔的内膜仍然可能出现局部的种植。
如果近年来有大量的手术操作，也是内膜异位症发生率增加的主要的原因。还有就是遗传因素、环境的因素非常复杂，到目前为止并没有病论。