肺曲霉菌感染的临床症状主要有干性咳嗽、胸痛，部分患者有咯血，病变比较广泛的时候可出现气急、呼吸困难，甚至会导致呼吸衰竭。部分患者如果有中枢神经系统的感染累及，可出现中枢神经系统的症状，比如头痛、头昏、恶心、呕吐等。另外，还可出现曲霉肿，引起刺激性咳嗽、反复咯血，甚至发生危及生命的大咯血。部分患者还出现喘息、气促、乏力，咳棕黄色脓痰，带血丝。