长效避孕药的副作用有月经紊乱、出血的情况或者闭经的现象发生，所以在选用长效避孕药的时候，要注意一些副作用，有些人因为副作用而换用其他的避孕方法。目前的长效避孕药有单孕激素制剂或者雌孕激素复合制剂两种，有效率达到98%以上，尤其用于对口服避孕药有明显的胃肠道反应者，雌孕激素复合制剂肌肉注射一次可以避孕一个月。
长效避孕药在使用过程中需要注意观察，由于单孕激素制剂对乳汁的量和值影响小，比较适合于哺乳期的妇女，有效率可以达到98%以上。这种副作用可能会影响女性的选择，对于选择短效避孕药或者长效避孕药，要因人而异，做出适合自己的药物选择。