十二指肠球溃疡的治疗包括一般治疗和药物治疗。一般治疗指生活要规律，劳逸结合，避免过度劳累和精神紧张，并且饮食上强调定时进餐，避免辛辣、过油腻、浓茶、浓咖啡等。牛奶和豆浆虽然能稀释胃酸，但其所含的钙和蛋白质能刺激胃酸的分泌，所以不宜过饮，并且在溃疡的急性期建议避免使用。
药物的治疗包括应该根除幽门螺杆菌，因为幽门螺杆菌在绝大多数十二指肠球溃疡的患者中都存在，如果不根除幽门螺杆菌溃疡，此病容易复发。目前推荐的幽门螺杆菌的治疗是四联疗法，也就是质子泵加上胶体果胶铋再加上两种抗生素。除此以外，强烈抑制胃酸的分泌也是促进溃疡愈合的重要方法，目前常用的是质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑、雷贝拉唑等。如果胃痛比较严重的患者，可以加上黏膜保护剂，能够帮助缓解症状。