肛瘘主要是肛周脓肿破溃后而形成的一种慢性窦道性疾病，肛瘘不能自愈，都需要通过手术治疗。手术的原则是将瘘管切开形成敞开的创面，促使创面的愈合。手术方式有瘘管切开术、挂线疗法或肛瘘切除术，根据肛瘘的具体病情而选择手术方式。但是特殊的肛瘘也可以不通过手术治疗，如克罗恩病、溃疡性结肠炎而导致的肛瘘，还有的肛瘘病人有结核病史，都可以通过保守治疗。