生理脱毒阶段的时间大约是3-14天，具体时间与毒品种类、吸毒时间、个人状况等因素有关。
生理脱毒阶段是最为难受的一个阶段，因为身体脱毒要忍耐戒断的反应，而戒断反应会让吸毒者非常痛苦，所以一般建议在正规的戒毒医院去经历该过程，时间大约是3-14天，短的可能3-5天，一般来说在两周内可以结束。戒断症状通常是在停止吸毒以后3-5天达到高峰期，然后症状逐渐减轻，直至消失。具体到个人，生理脱毒的时间持续长短，还应根据所吸毒品的种类、吸毒时间的长短、以及身体的基本状况等因素决定。当患者经历过生物脱毒阶段以后，并不代表完全戒毒，后面还有两个阶段。第二阶段是身体康复阶段，最后一个阶段是回归社会阶段。身体康复阶段主要是采用心理疏导、正面教育和一些体育锻炼等，消除患者的一些心瘾。回归社会阶段是指戒毒者回归社会以后，要建立一个帮助他、照管他的系统，让他在回归社会的过程中遇到一些阻碍时，能够有支持系统。
生理脱毒阶段后期还需要心理疏导，进行正面教育，加强锻炼身体，饮食注意清谈，尽量避免喝酒。后期家人要及时监督，帮助患者去除心瘾。