多囊有时是可以自愈的，尤其是学生阶段的小姑娘常常由于压力大、紧张会导致卵巢多囊样改变，导致月经不调，这种情况在学业结束后很多女孩会自行好转。多囊有时也见于过于肥胖的女性，有时通过减肥，肥胖降低之后多囊也会自愈，所以多囊卵巢综合征不一定需要特异治疗，有时是可以自愈的。
多囊卵巢综合征的治疗要有相应的治疗指征和治疗目的，比如对于多囊合并不孕者，一般要给予促排卵治疗甚至试管婴儿。对于多囊合并月经紊乱者，有时是不需要治疗的。如果月经紊乱造成阴道出血量多甚至贫血，则需要治疗，一般选择达英-35等短效口服避孕药替代治疗，调整月经周期。