尿路结石激光碎石的危害主要有损伤和感染两方面，损伤的原因主要有以下几种：
一、直接损伤，由于碎石的功率、操作者熟练程度、碎石角度所限等，都有可能使光束直接伤害到尿路上皮的黏膜。
二、碎石崩溅，结石崩碎以后往往残渣比较锋利，反复的冲击、撞击尿路上皮黏膜会造成损害。
三、热效应，激光在碎石过程中会产生大量的热，将周围的尿液或者水加热，这种热度足以伤害到尿路上皮黏膜。
因此以上的几种伤害，都有可能会造成后期尿路上皮的瘢痕、狭窄形成。其他主要是感染，感染与手术操作时间有关，感染往往是结石当中存在的细菌在碎石后播散出来所导致。手术过程中时间越长，肾盂内的压力越高，手术以后感染的风险也越大。