流感发烧在治疗上既要对流感病毒给予治疗，又要针对发烧的症状对症处理。流感和副流感病毒是造成流感的主要原因，因此可以选择奥司他韦或者阿比多尔等抗病毒药物，这类药物可以抑制流感病毒的质膜和宿主细胞融合，而阻断病毒的复制。
针对发烧的症状，低热的患者可以用温水或者浓度在30%左右的酒精溶液，进行周身擦拭，也可以采用冰块置于腋下或腹股沟等大动脉搏动处，来进行物理降温。针对体温超过38.5℃以上的病人，通常需要使用药物退热，如口服对乙酰氨基酚、布洛芬。对于口服有困难的患者，可以肛门使用吲哚美辛栓剂进行退热，在退热时要注意补液，防止大汗后造成的虚脱反应。