脑钙化和脑肿瘤有明显的区别，脑钙化在CT上表现为密度增高影，密度增高达到跟颅骨同样的CT值，而脑肿瘤表现为软组织肿块，也就是发生在脑神经组织、上皮组织，或者脑膜的占位性病变，同时对占位性病变做穿刺活检或者直接手术切除，可以找到肿瘤细胞、脑膜瘤细胞，或者胶质瘤细胞等等，因此脑钙化和脑肿瘤是有显著的区别。
脑钙化往往是良性的病变，而脑肿瘤除了良性的病变以外，往往有脑胶质瘤、生殖细胞肿瘤等恶性肿瘤，还有可能是其他肿瘤病灶的转移，如肺癌转移至头部，或者乳腺癌转移至头部等。脑钙化和脑肿瘤在临床上是完全不同的两个概念，脑肿瘤意味着占位性病变，而脑钙化往往是提示脑组织的退行病变。