抗病毒和抗生素的区别主要包括以下两个方面：
第一、针对的病原微生物有所区别，抗病毒一般是仅针对病毒感染用药。而抗生素针对的病原微生物范围相对比较广，除了针对细菌感染以外，还可以针对支原体、衣原体、螺旋体、立克次氏体等病原微生物感染治疗，所以它的抗菌谱相对来说更为广泛。
第二、治疗的疗程通常有区别，抗病毒治疗可以短疗程，也可以长疗程。对于慢性的病毒感染治疗，有些抗病毒药可以长时间服用。如针对慢乙肝的病毒，长期抗病毒治疗一般很少能够引起体内的菌群紊乱，可以出现不良反应，但很少能够引起二重感染。而抗生素通常不会长期应用，如果长期应用抗生素，可以导致体内寄生的细菌发生菌群紊乱，容易引起二重感染。所以对于抗生素来说，很少需要长时间的抗生素治疗，否则会带来严重的不良后果。