宫颈癌疫苗的副作用和其他疫苗一样，比如注射后可能会有短期发热、头痛、头晕，皮肤可能有发红、肿胀等情况，但上述症状往往呈一过性，有的患者可能会出现恶心、呕吐等症状。宫颈癌疫苗目前已经证实是非常安全的疫苗，故可以正常进行注射，但有的患者注射完宫颈癌疫苗后，可能会出现皮疹、红斑等局部表现，大都不会特别严重，也不需要进行特殊干预。所以，注射完后需要在医院观察半个小时左右，若没有异常，就可以离开医院。
注射完宫颈癌疫苗有些注意事项，首先注射完宫颈癌疫苗当天不要洗澡，尤其是注射部位避免沾水，饮食要注意不能够吃海鲜、刺激性食物，至少维持三天，注射侧的手臂要避免提重物，也不能进行剧烈活动。注射完宫颈癌疫苗后，要注意休息，保证良好的作息，对于身体也有益，注射完宫颈癌疫苗后也要定期进行宫颈癌筛查。