肛门长疮要明确疮是肛周感染性疾病，还是由痔疮引起的一些血管性疾病。
如果是感染性疾病，在治疗的时候大多都需要应用抗生素治疗，如果形成明显的肛周脓肿，就应及时的将脓肿切开，使炎性的分泌物从体腔内排出到皮肤之外，这对于控制感染是非常重要的。如果发生肛瘘，只有将瘘管完整切开，使肉芽组织由内向外的生成，才能使感染控制。如果肛门的疮是和静脉曲张，也就是痔疮相关，大多数情况是需要保守治疗，这些症状也可以缓解。通过控制饮食并配合药物的辅助疗效，大多数症状是可以控制的。如果保守治疗效果不佳，就需要进行手术切除，以减轻因痔疮引起的相关包块、出血等症状。