月经量少、咖啡色首先要检查血、尿HCG除外妊娠可能，妊娠不仅表现为停经、不来月经，有时也表现为月经量减少，必要时要进一步除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况。
除外妊娠之后，月经量少要检查女性性激素六项和甲状腺功能，有时多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、卵巢功能早衰等特异性内分泌疾病会有这种表现。
这些疾病各有各自的临床特点和激素表达特点，需要做出鉴别和处理，比如高泌乳素血症表现为泌乳素升高，要给予溴隐亭治疗。如果有垂体瘤，要行手术治疗。