小肠恶性肿瘤的治疗方法仍以手术为主，结合化疗、分子靶向药物治疗等多方法综合治疗。目前为止，手术治疗仍然是根治小肠恶性肿瘤最主要的治疗方法，但应当在充分评估患者术前和术中的情况后制定相具体的手术方式，切忌做姑息性的大手术。现未有标准的化疗方案，主要是参考结肠癌的治疗方案。
一、药物治疗
常见药物：奥沙利铂、氟尿嘧啶、甲磺酸伊马替尼、贝伐珠单抗
1、化疗药物：氟尿嘧啶是首选药物。化疗尚未制定标准化治疗方案，小肠恶性肿瘤化疗参考结肠癌及胃癌等疾病的化疗方案，大多数以氟尿嘧啶类为基础用药，适用于某些不能一次性切除的肿瘤患者。
2、分子靶向药物治疗：目前治疗小肠间质瘤的分子靶向药物是甲磺酸伊马替尼（格列卫），该药是一种络氨酸激酶抑制剂，用于治疗不能切除和（或）发生转移的 CD117阳性间质瘤患者，也可用于间质瘤手术切除后，具有明显复发风险患者的辅助治疗。贝伐珠单抗（安维汀）是一种人源性抗血管内皮生长因子单克隆抗体，可抑制血管内皮生长因子，具有抗血管生成的作用，有报道贝发珠单抗可用于治疗淋巴瘤及神经内分泌瘤。
3、抗组胺类药物：如氢化可的松，适用于类癌综合征患者。
二、手术治疗
1、常规手术：小肠恶性肿瘤治疗首选手术切除，具体根据肿瘤部位选择手术方案，手术方案的选择一般根据肿瘤性质及部位决定。最佳方法是行根治性切除术，对于无法切除者应行姑息性切除，然后一起切除转移灶，亦可采取短路手术以缓解肠梗阻等症状。
2、腹腔镜手术：包括完全腹腔镜下手术和腹腔镜辅助下手术两种。前者需切割器、缝合器行肿瘤切除及肠道吻合，该种方式耗时较长，成本较高。腹腔镜辅助下切除小肠恶性肿瘤优于传统的手术，尤其是在术中出血量、切口长度、术后疼痛及并发症等方面。但小肠恶性肿瘤位置比较特殊的患者并不适合做腹腔镜辅助手术，其风险较大。
三、放射治疗
可利用电磁辐射改变生物分子结构，达到破坏或杀死癌细胞的目的，但同时也会杀死人体正常细胞，对人体产生一定副作用。
